En kan ikke tidfeste det første kirkebygget, men antar at kirkestedet skriver seg helt tilbake til tvangskristningen for 1000 år siden. Utgravinger viser at det har stått flere eldre bygninger på området.
Kirken hadde en spesiell posisjon i katolsk tid. I 1353 kunngjorde biskop Siegfried av Oslo at alle botferdige som besøker St. Michaels kirke i Lysedal skal få 40 dagers avlat. I 1400 var kirken velstående, den eide mange gårder og hadde egen prestegård Prestby.